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题主这个问题非常大也非常难解释，我决定三言并作两语来解答。
日本漫画社会虽然一直以来都是百花齐放，但是在每一个历史时期都会井喷式的爆发一些同款类型的作品，这并非是90年代的特色。
比如上世纪70年代，SF漫画如井喷一般席卷了整个日本，这其中有很多社会层面的原因。比如美苏的军备竞赛与太空竞赛，再比如80年代的战斗漫画热潮是因为“武论尊”的小说与《北斗神拳》的空前成功，而90年代的漫画，题主会感到一种萧瑟，想必是因为90年代是世纪末，而“世纪末的大预言”则是一个极为容易激发思考的创作题材。
《北斗神拳》以及其后来受其影响的跟随者《JOJO的奇妙冒险》。但令人感到高兴的是，后者脱胎于前者，现如今更成为了一部神作。
在这种“世纪末的大恐慌”的社会背景下，诞生了以《20世纪少年》为代表的一系列色调灰暗的日本漫画，这使得就算是并非以世界为主要创作题材的漫画，或多或少也会被这个“主色调”所影响。即使如此，同样在上个世纪末出现的《海贼王》又或许是一抹明亮的颜色，而诞生自千禧年的《火影忍者》又像是一种劫后余生的庆幸。
浦泽直树的《20世纪少年》
所以，把每一部漫画贴合到那个时代，自然会有那个时代来解释它的出现，这是社会赋予漫画的一种使命，也代表着身处那个时代，那个社会背景下的作者对世界的思考，所以这种现象也就不难解释了。
但我在这里的解释也只是一种比较主观的看法，而且又因为日本战后社会的变化极其复杂，这对日本战后漫画史又有着极为重大的影响，所以如果题主想深入了解这个问题，可以去找研究日本漫画史的书籍，里面或许会有更为详尽的解答。
我曾经有过这样的经历——那是一年以前的事情，那时刚好看到《圣斗士星矢冥王十二宫》，撒卡修罗和卡妙三人将雅典娜的尸体带回冥界，其实是要利用生命的最后几分钟刺杀冥王。可是时间流逝的，他们还没来得及见到冥王，就被窗外透过来的阳光照射到，身体瞬间灰飞烟灭！
我清楚的记得，当看到这一幕的时候我的心都要被撕碎了，那种撕心裂肺的痛楚仿佛感同身受一般，就好像要消失的是我的灵魂和身体。他们临死之前的无奈和悲壮令我心痛，不由得留下热泪，仿佛心灵被撕扯不停的在滴血！在生命即将消逝的瞬间，他们没有颓废而是高昂起头颅，用悲咽的声音喊出了生命尽头的最后一句话:我们的女神，雅典娜～
那一夜我彻夜无眠，只是睁着空洞的眼睛失神的望向窗外，留着泪直到天明！
