理性情绪疗法最常用、最有特色的方法是与不合理信念辩论，指的是从科学、理性的角度对求助者持有的不合理信念进行挑战和质疑，以改变他们的这些信念；一般通过咨询师具有明显的挑战性和质疑性的积极主动的提问来实现，其内容紧紧围绕求助者信念的非理性的成分。
具体来说，理性情绪疗法分为以下几个阶段：第一、心理诊断阶段。找出求助者情绪困扰和行为不适的具体表现（C）、相对应的诱发事件（A）以及两者之间的不合理信念（B）；然后向求助者解说ABC理论。
第二、领悟阶段。在此阶段咨询师要进一步明确求助者的不合理信念，因为不合理信念的形成往往是一个漫长的过程，因此，改变起来也需要较长一段时间。此阶段首先要对求助者的合理和不合理信念加以区分；把不合理信念与求助者对问题的表面看法加以区分；如母亲因为孩子调皮而生气，表面的看法是因为儿子调皮而生气，事实上背后的不合理信念是：孩子必须要听话在作祟。其次，咨询师要使求助者进一步领悟自己的问题和自身不合理信念的关系，使求助者认识到是信念引起了情绪及行为的后果，而不是诱发事件本身；他们因此对自己的情绪和行为反应负有责任；只有改变了不合理信念，才能摆脱因为不合理信念带给我们的困扰。
第三、修通阶段。咨询师运用多种技术，使求助者修正或放弃原有的不合理信念，并代之以合理的信念，从而使症状得以减轻或消除。修通阶段是工作渗入的过程。不鼓励情绪宣泄，认为这会强化求助者的问题，使其陷入自己的情绪困扰中而不能正视自己的问题。
第四、再教育阶段。目的在于帮助求助者在认知、思维过程以及情绪和行为表现等方面重建起新的反应模式，减少他们在以后生活中出现情绪困扰和不良行为的倾向。帮助求助者进一步摆脱旧的、不合理的信念，强化新的、合理的信念；应用技能训练，使求助者学会更多地技能，提高其应对问题的能力。
